マイクロバイオーム入門講座

今、猛烈な勢いで世界的に進められているマイクロバイオーム研究について、その概況、研究の最前線、基礎としてのバイオインフォマティクスから、マイクロバイオームの解析手法に至るまで解説します。マイクロバイオームにおけるデータ解析において欠かす事ができないメタゲノム解析についても説明します。

1. マイクロバイオームとは何か
2. マイクロバイオーム研究の前提となるゲノム科学概論
   1. ゲノム解析とバイオインフォマティクス
      1. ゲノム科学とは
      2. バイオインフォマティクスとは
      3. 塩基配列の決定方法
   2. ゲノム解析の基礎と意義
      1. ゲノム配列の決定方法
      2. 遺伝子アノテーション
      3. 比較ゲノム解析
      4. メタゲノム解析
3. マイクロバイオーム研究のためのバイオインフォマティクス入門
   1. 分子進化学入門
      1. 分子進化学とは
      2. なぜ分子進化学を理解する必要があるのか
      3. アミノ酸配列の分子進化解析
      4. 核酸配列の分子進化解析
   2. 配列解析基礎1
      1. ペアワイズアラインメント
      2. 相同性検索
      3. マルチプルアラインメント
   3. 配列解析基礎2
      1. 進化系統解析
      2. モチーフ解析
      3. 確率モデルに基づく配列解析
4. マイクロバイオーム研究とデータベース
   1. 生命科学におけるデータベースの役割と種類
      1. なぜデータベースなのか
      2. 配列データベース
      3. 代謝データベース
      4. その他のデータベース
   2. マイクロバイオーム研究に有用なデータベース
5. マイクロバイオーム研究における解析手法
   1. メタゲノム解析とは
      1. アンプリコンシーケンシングによるメタゲノム解析
      2. ショットガンシーケンシングによるメタゲノム解析
      3. MAG解析
      4. メタトランスクリプトーム解析
   2. マイクロバイオームデータからの知識発見