化合物データベースの構築方法と化合物データベースからの構造検索方法

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本セミナーでは、ケモインフォマティクスの基礎である化合物の表記方法、さらには化合物検索、化合物データベース構築について、プログラミング言語Pythonと、Pythonのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いて、実践的内容を解説いたします。

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プログラム

有機化合物を扱う創薬研究や材料開発において、ケモインフォマティクスの重要性が注目されています。ケモインフォマティクスとは、化合物情報の作成、管理、検索、分析、可視化など、コンピュータ・情報科学を用いて化学分野における様々な問題を取り扱う学問領域になります。  本講演では、ケモインフォマティクスの基礎である化合物の表記方法、さらには化合物検索、化合物データベース構築について、プログラミング言語Pythonと、Pythonのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いて、実践的内容を解説致します。

  1. 化合物の表記方法
    1. MOL形式、SDF形式
    2. SMILES記法
    3. SMARTS記法
    4. InChI、InChIKey
  2. Pandasデータフレームを用いた化合物検索
    1. 完全一致構造検索
    2. 部分構造検索
    3. 類似構造検索
  3. SQLの基礎
    1. リレーショナルデータベースについて
    2. SQLとは?
    3. SQLのSELECT分の基礎
  4. SQLの実践
    1. ChEMBLデータベースからのデータ取得
    2. SQLite3を用いた化合物データベース構築

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