千年カルテプロジェクトは、100以上の医療機関から収集したアウトカム情報を含む医療情報を地域医療連携 (1次利用) から臨床研究 (2次利用) まで幅広く活用するプロジェクトである。根拠法は、サービス内容によって、個人情報保護法と次世代医療基盤法を使い分けている。 具体的なサービスは、医療情報のバックアップ、地域医療連携 (EHR) 、患者への医療情報提供サービス (PHR) 、医療安全支援、臨床研究、人工知能の医療への活用、経営分析サービス、などがあり、本プロジェクトは将来の医療イノベーションにつなげていく責務があると考えている。