物質の構造決定には、様々な分析手法が駆使される。しかしながら、未知物質を用いた個々の測定結果からその構造を決定することは難しい。通常は、原材料 (出発物質) の構造・製造方法の理解・中間体の同定等に基づいて、目的物質の理論構造を定め、測定結果がその構造を支持することから理論構造の妥当性を説明することとなる。この説明プロセスは、標準物質の構造決定並びに原薬 (製剤中の有効成分) の確認試験にも活用される。 目的物質の特性解析には,その構造解析の他に、目的物質関連物質及び目的物質関連不純物に関連する特性解析も含まれる。不純物 (分解物、変化体、工程由来不純物) の管理には、これらの生成メカニズムの特定 (推定) も必要となる。また、物質量の特定の他に、免疫学的性質並びに生物活性が必要になることもある。これらの特性が原薬 (製剤中の有効成分) の品質に影響する場合には、適切な規格及び試験方法を設定した上での品質管理が不可欠となる。 CTDに記載するこれらの一連の説明プロセスを解説する。 なお、特性解析並びに不純物の説明資料は、プロダクト固有の同等性の説明にも直接影響するため、製造工程の開発経緯への提示方法についても解説する。